1990 йылда республиканың Дәүләт суверенитеты тураһында декларацияны ҡабул итеү уның яңы рәсми атрибуттары – Дәүләт флагы, гербы, гимны барлыҡҡа килеү кәрәклеген билдәләне. 22 йыл элек, 1992 йылдың 25 февралендә, Башҡорт АССР-ы Юғары Советы республиканың исемен үҙгәртеү тураһында закон ҡабул итте һәм быға ярашлы ул Башҡортостан Республикаһы тип үҙгәртелде, республика дәүләтселегенең рәсми символдарының береһе — яңы флаг раҫланды. Һуңыраҡ, 1993 йылдың 12 октябрендә Башҡортостандың Дәүләт гербы һәм Дәүләт гимны ҡабул ителде.
Республика Дәүләт флагын әҙерләүҙең һәм ҡабул итеүҙең үҙ тарихы бар. Уны эшләүселәр башта үткәндәргә — ХIХ быуат башында барлыҡҡа килгән флагка мөрәжәғәт итә. Уның тураһында мәғлүмәттәр аҙ, әммә һаҡланып ҡалған ҡайһы бер сығанаҡтар буйынса уның нисегерек булыуын күҙ алдына килтерергә була: ике башлы бөркөт һәм бөтә туҡымаға алты мөйөшлө йондоҙҙар һибелгән фонда, Ҡөрьәндән һүҙҙәр яҙылған. Ул ваҡытта Башҡортостан Ырымбур губернияһы составына ингәс, был флаг дәүләт флагы булмаған. Ул моғайын айырым башҡорттар төркөмөнөң символы булғандыр.
Конкурсҡа флагтың ике варианты ла тәҡдим ителә. Комиссия рәссамдар Урал Мәсәлимов менән Ольга Асабина эшләгән флаг вариантына өҫтөнлөк бирә. Башҡортостан Республикаһының флагы йәшел, аҡ һәм зәңгәр төҫтәрҙәге (аҫтан өҫкә) горизонталь тигеҙ буйлы тура мөйөшлө туҡымала ғибәрәт. Башҡортостан Республикаһының Дәүләт символикаһы тураһында законында флаг төҫтәренең мәғәнәһе асыла: йәшел төҫ — азатлыҡты, йәшәйештең мәңгелеген; аҡ төҫ — республика халыҡтарының тыныслыҡты һөйөүен, асыҡлығын, үҙ-ара хеҙмәттәшлеккә әҙерлеген; зәңгәр төҫ — уларҙың уй-ниәттәренең сафлығын белдерә. Шул уҡ ваҡытта йәшел төҫ Ислам төҫө лә булып һанала. Был шулай, ләкин йәшел төҫ мосолман булмаған илдәрҙең — Ирландия, Мексика, Португалия, Италия, Боливия, Бразилия, Венгрия, Болгария кеүек илдәрҙең дәүләт флагтарында ла бар. Флагтың аҡ буйы уртаһында алтын төҫөндә эмблема — ете таждан торған стилләштерелгән ҡурай сәскәһен үҙ эсенә алған түңәрәк төшөрөлгән. Ҡурай сәскәһе — дуҫлыҡ билдәһе, уның ете тажы, риүәйәт буйынса, Башҡортостан халыҡтарының берләшеүенә башланғыс һалған ете ырыуға ишара.
Уҙған йылдарҙа Дәүләт флагы республиканың дәүләт һәм ижтимағи тормошонда айырылғыһыҙ һәм ҡәҙимге атрибутҡа әйләнде. Ул Башҡортостандан ситтә лә билдәле — илдең төрлө төбәктәрендә республика вәкиллектәре биналары өҫтөндә елберҙәй, яҡын һәм алыҫ сит илдәрҙә рәсми делегацияларыбыҙҙың юлдашы булып тора.